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Actualités du GENOPOLE

4 septembre 2015 - Le biocluster Genopole dispose d’une nouvelle plate-forme logicielle

La plate-forme EvryRNA de Genopole est un serveur web mettant à disposition de la communauté scientifique les différents algorithmes et outils bioinformatiques développés au sein du laboratoire « Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes Complexes » (www.ibisc.univ-evry.fr) de l’Université d’Evry-Val-d’Essonne, dédiés à de l’analyse génomique, et plus précisément à la prédiction et l’analyse des ARNs (acides ribonucléiques) non-codants.

Les ARNs non-codants sont des molécules issues de la transcription de l’ADN qui ne seront pas traduites en protéine par les ribosomes. Ces ARNs sont des régulateurs du contrôle de l’expression des gènes, de l’établissement des domaines chromatiniens et de la stabilité du génome. Ils interviennent dans différents processus biologiques, et certains d’entre eux, notamment les microARNs, sont connus pour être impliqués dans un grand nombre de maladies, telles que le cancer et les maladies neuro-dégénératives. Leur étude permet de mieux comprendre le fonctionnement du vivant, notamment la différenciation et la prolifération cellulaire, mais aussi d'envisager de nouvelles approches thérapeutiques pour les maladies génétiques et le cancer.

La plate-forme logicielle EvryRNA regroupe de nombreux logiciels bioinformatiques de prédiction de structure secondaire d'ARNs, d'identification et de prédiction d'ARNs non-codants notamment les petits ARNs (microARNs, piARNs, etc) à grande échelle dans des séquences génomiques :

  • P-DCFold : logiciel pour la prédiction de structures secondaires d'ARNs incluant les pseudonoeuds.
  • SSCA : logiciel pour la sélection des séquences homologues les plus informatives pour la prédiction de structure secondaire d'ARN par l'approche comparative.
  • Tfold : logiciel pour la prédiction de structures secondaires incluant les pseudonoeuds (intégration de SSCA et P-DCFold).
  • miRNAFold : logiciel pour la recherche ab initio de précurseurs de microARNs (pré-miARNs) à grande échelle dans les génomes.
  • ncRNAclassier : logiciel pour déterminer si un ARN non-codant est dérivé d'un élément transposable (ET) ou est mal annoté car correspondant à un ET.
  • miRBoost : logiciel pour la classification de séquences en vrais ou faux pré-miARNs.
  • piRPed : logiciel pour la prédiction de piARNs.

Ces logiciels, correspondants à différents algorithmes utilisant des approches d’algorithmique de séquences et d’apprentissage automatique, sont tous publiés dans des revues scientifiques internationales à fort impact facteur (Nucleic Acids Research, Bioinformatics, RNA, …). Ils ont comme particularité par rapport aux logiciels concurrents la rapidité, permettant ainsi des analyses à grande échelle, en plus de l’efficacité des prédictions.

Par ailleurs, on peut trouver sur la plate-forme EvryRNA d’autres outils développés en annexe, tels que :

  • RNA-SC : outil pour comparer une structure secondaire d'ARN prédite par rapport à une structure de référence.

Pour obtenir des informations complémentaires sur la plate-forme EvryRNA (http://EvryRNA.ibisc.univ-evry.fr/), veuillez contacter Madame Fariza TAHI via fariza.tahi@ibisc.univ-evry.fr

2 septembre 2015 - L'Atelier de Biologie de Synthèse : la plate-forme de l'Institut de Biologie Systémique et Synthétique

Situé au cœur du biocluster Genopole (Evry - 91), l'Institut de Biologie Systémique et Synthétique (iSSB) dispose d'une plate-forme collaborative et de service unique nommée Atelier de biologie de synthèse [abSYNTH].

Créé en 2010, l'iSSB (CNRS FRE3561, Université d’Évry-Val-d'Essonne, Genopole) est le premier laboratoire français dédié à la Biologie de Synthèse. La Biologie de Synthèse est la construction et la caractérisation de systèmes biologiques complexes basés sur ou inspirés par le vivant mais dotés de fonctions absentes dans la nature.

Concernant l’étape de conception, phase amont de la construction, l'abSYNTH met à disposition une bibliothèque de logiciels (absynth.issb.genopole.fr) développés au sein de l’iSSB dont certains exploitant un calculateur (4 TFlops). Ce calculateur devrait à terme intégrer le mésocentre de calcul du bassin évryen (environ 20 TFlops) financé par la Région Ile-de-France et qui verra le jour en 2016 !


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